物理所极端条件物理重点实验室党支部的前身是物理所第五联合联合行政办公室（简称五联办）党支部。

2000年，五联办调整为超导国家重点实验室和极端条件物理重点实验室。

2002年6月17日，极端条件物理重点实验室党支部成立。 

此时，极端条件物理重点实验室党支部包括极端条件物理重点实验室全体党员和于2001年7月12日成立的凝聚态理论与材料计算实验室的全体党员。

2005年10月24日，凝聚态理论与材料计算实验室的党员转出极端条件物理重点实验室党支部，并成立了凝聚态理论与材料计算实验室党支部。 

2011年3月，极端条件物理重点实验室党支部包括极端条件物理重点实验室党支部全体党员和固态量子信息与计算实验室的Q02和Q03组的党员。

目前极端条件物理重点实验室党支部目前由2个党小组组成，共有党员42人。